Ganz so einfach ist es mit dieser vermeintlichen Glaubensfrage vielleicht doch nicht...
Bei einer autonom laufenden Anwendung ist Linux die erste Wahl, gerade wenn es um Stabilität und (Netzwerk-)Sicherheit in kritischen Strukturen geht und kann flexibel an spezifische Anforderungen angepasst werden.
Bei einem bestehenden System hat Windows oft die Nase vorn, da viele Komponenten, Software und Anwendungen meistens auf Windows laufen und die Integration - nicht zuletzt aufgrund der Benutzerfreundlichkeit und des Supports - dadurch leichter fällt und effizienter gewartet werden kann.
Letztendlich entscheiden nicht nur persönliche Präferenzen, sondern auch die Funktionen und Eigenschaften darüber, welches Betriebssystem für Ihre neue Anwendung am günstigsten ist.